Ekonomičnost UV sustava određena je sljedećim čimbenicima: cijena i životni vijek opreme; električna učinkovitost; stupanj smanjenja učinka sterilizacije tijekom rada; troškovi električne energije itd. Ekonomska analiza sustava ultraljubičaste dezinfekcije još nije donijela zaključak. Postoji mnogo izvještaja o analizi s različitim zaključcima. Postoje mišljenja da uređaj za ultraljubičastu dezinfekciju troši puno električne energije, a održavanje i troškovi opreme su visoki. Za velike sustave ulaganje u opremu veće je od ulaganja u ozonski sustav, a operativni su troškovi slični trošku ozona; ali za mali sustav proizvodnje čiste vode ulaganje je manje od ulaganja u ozonski uređaj. Također postoje mišljenja da su za tretmane od tisuću tona dnevno ili više investicijski i operativni troškovi sustava UV dezinfekcije vrlo povoljni, a koji su mnogo niži od troškova kloriranja i dezinfekcije ozonom. Na primjer, postoje izvještaji analitičkih podataka da je pri gradnji malog postrojenja za pročišćavanje pitke vode s populacijom od 10 do 25 000, približni omjer troškova ultrazvučne, klor dioksida i dezinfekcije ozona 1: 4: (8-9), za populacija veća od Za 500 000 društvenih organizacija omjer troškova je oko 1: 2,5: 2,5.
Ove procjene troškova ne uključuju dodatne troškove uklanjanja nusproizvoda dezinfekcije i cista kriptosporidija kada se koriste postupci ne-UV dezinfekcije. Uz to, podaci analize pokazuju da su investicijski i operativni troškovi ultraljubičaste dezinfekcije niži od troškova dezinfekcije klorom, a troškovi dezinfekcije otprilike su polovice troškova klora, ali razlika se smanjuje širenjem ljestvice pročišćavanja vode.
U Francuskoj i bivšem Sovjetskom Savezu ultraljubičasta dezinfekcija bila je ograničena na malu opremu. Utvrđena velika oprema trebala je instalirati ultraljubičaste svjetiljke u seriju u mrežu filtrirane vode. U Sjedinjenim Državama, ultraljubičasta dezinfekcija također je ograničena na malu opremu i bazene, a često se kombinira s drugim dezinficijensima. Međutim, u praktičnoj primjeni zabilježeno je da je razmjer biljaka pitke vode koje koriste ultraljubičastu dezinfekciju premašio 1,5 milijuna tona dnevno.